El inmueble que lo alberga fue construido a finales de 1999 e inaugurado el 21 de octubre de 2002. Hasta el momento es el único museo en su tipo en todo el sur-sureste de México; en sus salas se exhiben más de 200 fósiles, todos de Chiapas, cuyas antigüedades oscilan entre los 300 millones de años y los 10 mil años. La sala principal está coronada por la reconstrucción de un megaterio, además de contar con restos fósiles de vegetales, invertebrados y vertebrados representativos de casi todos los municipios del estado. Entre las exhibiciones más llamativas se encuentra la denominada Ámbar de Chiapas, donde se muestran piezas de esta resina fósil con inclusiones de insectos y arañas. El museo cuenta con una sala de usos múltiples y un laboratorio de exhibición, a través del cual el visitante podrá apreciar cómo trabaja un paleontólogo en la restauración y conservación de los fósiles.

El museo cuenta con las siguientes áreas de exhibición:
Jardín prehistórico
El universo de la paleontología
Fósiles de Chiapas
Laboratorio de exhibición
Ambientes antiguos de Chiapas
Sección del ámbar

Espacio de colecciones Paleontológicas
Guía impresa del museo
Folletos
Visitas guiadas
Piezas interactivas
Biblioteca
Hemeroteca
Videoteca
Tienda
Sanitarios
Guardarropa
Salón de usos múltiples
Sala de proyecciones
Servicios educativos (cursos de verano para niños)

Abierto al público de martes a domingos de 10 a 17 hrs.
Entrada general: $15
Estudiantes con credencial: $5
Visitas guiadas: $50 (máximo 15 personas)
Paquetes PALEO-TEMÁTICOS: $250 (máximo 15 personas)

El museo es de un solo piso, cuenta con señalizaciones de salidas de emergencia, rutas de evacuación,ubicación general dentro del museo, mapas de ubicación, planos de distribución de las salas, fotografías, tiene fácil acceso a todas sus instalaciones para las personas con capacidades diferentes.Cuenta con rampas para personas con discapacidades diferentes.